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BioHackathon 2009

Integration for wet biologists - bring the cutting edge technologies to the bench


Main objective of the meeting is to continue global efforts to standardize biological database resources and to improve usability and interoperability of bioinformatics services, which were proposed in the previous meeting.

The agenda of the previous meeting, BioHackathon 2008, is available at

Additionally, we will collaborate with

  • Organizations which have similar mission with us (e.g. ELIXIR) for the complemental efforts.
  • Developers of integrated platforms like BioMart, GMOD, Galaxy etc.

to make our previous efforts to be utilized by the scientific researchers effectively.


  • Technology: Infrastructure and Standardization
    • Integration of the integrated databases - Unified API for distributed services
    • Agreement on common exchange data formats, ontologies and semantics
    • Provide stable and interoperable services with SOAP and REST
    • Manifesto and guidelines for the next generation
  • Application
    • Make end user applications like Galaxy to utilize integrated databases (TogoDB) and services (TogoWS)
    • What kind of databases and services are required for science? - genome information
  • Outreach
    • Hands-on seminar, TogoTV


  • Improve Open Bio* libraries and other tools to apply real world issues.
  • Discuss about the guidelines (manifesto) towards standardization of data types and protocols for the integration of databases and services.
  • Publicaition of a meeting report.

Mailing list


  • Toshiaki Katayama (TogoDB, TogoWS, KEGG API, BioRuby?; HGC, Japan)
  • Shuichi Kawashima (KEGG API; HGC, Japan)
  • Takeshi Kawashima (Marine genomics; OIST, Japan)
  • Mitsuteru Nakao (TogoWS, BioRuby?; Kazusa DNA Res, Japan)
  • Yasunori Yamamoto (DBCLS, Japan)
  • Atsuko Yamaguchi (DBCLS, Japan)

Confirmed participants

  • Alberto Labarga (Dasty3, Elsevier Grand Challenge, EBI;, Spain)
  • Arek Kasprzyk (BioMart; OICR, Canada)
  • Oswaldo Trelles (MOWserv; Universidad de Málaga, Spain)
  • Jan Christian Bryne (EMBRACE, ELIXIR; Bergen Center for Computational Science, Norway)
  • Kiyoko Kinoshita (RINGS; Soka Univ, Japan)
  • Hideaki Sugawara (WABI/SABI; DDBJ, Japan)
  • Naohisa Goto (BioRuby?; Osaka Univ, Japan)
  • Kazuharu Arakawa (G-language; Keio Univ, Japan)
  • Keiichiro Ono (Cytoscape; UCSD, U.S.)


Free of charge

The meeting is invitational only and sponsored by the [DBCLS (database center for life science)], so that your flights and accommodation fees will be covered by the budget.

Call for signature campaign (aka Yes We Can!)

The venue, OIST, is headed by Dr. Sydney Brenner and if our hackathon can get 'go sign' by him, we'll be able to utilize more facilities at OIST (including conference halls, guest houses and meals!) which will make the quality of our meeting better. Otherwise, we need to book them in a nearby hotel, which means we need extra costs and resulted in decreasing the number of participants to be invited.


  • とりあえず議事録をメモしておいて、この Trac を近日中に英語化する。
  • この Trac のロゴを hackathon 用に変える
  • BioHackathon? 2008 のミーティングレポートのドラフト(今週末) -> 片山, 荒川, (中尾?)
  • Hackathon 用の Twitter を作る
  • 日程調整を終わらせる
  • 残りの参加者を調整する
  • エディターとのコミュニケート
  • 顔写真を集める - 名刺をあらかじめ作っておく
  • ミッションを説明するスライドを準備しておく(初日に 30 分くらい喋る)
  • TogoWS を web server issue に問い合わせる


2009/03/22 (Sun) -2009/03/28 (Sat) が今のところ最有力(まだ確定ではない)

  • 農芸化学会と重なる
  • 事務方が3月最終週で問題ないかを確認


  • 昨年度のテーマは統合のためのインフラ整備(ウェブサービス、標準化など)
  • 今年度はそれを継続するとともに、エンドユーザが使えるように出口を強化する




そこで、ご提案にあるように、技術の軸、アプリケーション(応用)の軸、 普及の軸のセッションを立てるというのでよさそうに思います: 技術の軸:DAS, Galaxy, ELIXIRなどについてマニアックな議論 応用の軸:ゲノム情報の統合と活用 普及の軸:ハンズオンセミナー

たとえば、技術の軸は hackathon のメインで基盤チーム担当ですが、 応用の軸が中村研や佐藤研、普及の軸が統合TVなど教育チーム といったイメージで展開していければと思っています。


テーマとしては以下のメールに書かれたとおり、生物学者が実際に 利用できるシステムの構築が重要だと思います。従ってGalaxyに 糖鎖系のサービスを追加したいと思います。

昨年度の hackathon で整備したインフラを今年度は生物学者が使えるように 還元していきたいと思います。

Oswaldo Trelles さん:

Perhaps in this occasion we can better coordinate my aportation during the meeting. We have made significant advances in the last year on the topics of the agenda that will be most pleased to discuss in the workshop

COST にアプライ中で将来 hackathon を欧州でも開催してもらえるかも。

Jan Christian Bryne さん:

I remember last meeting we did not have any representatives from service providers in the US. Will it be possible to include anyone from the US at the next meeting? Perhaps someone from NCBI or CaBIG?


Alberto Labarga さん:

great to know about you, and that you are organizing a second edition of the Biohackaton, I will happily attend, let's see if nothing comes in the middle like next year





3/22 (日)

3/23 (月)



  • 基調講演 1〜4 本 (30〜60min)
  • ショートトラック 1〜6本 (10min)




  • JAL: HND 14:40 - 17:30 OKA
  • ANA: HND 15:30 - 18:15 OKA


3/24 (火)

  • モーニング
  • ハック
  • ハック
  • ランチ
  • ハック
  • ハック
  • プレゼン
  • ディナー
  • ハック
  • ハック

3/25 (水)

  • モーニング
  • ハック
  • ハック
  • ランチ
  • ハック
  • ハック
  • プレゼン
  • ディナー
  • ハック
  • ハック

3/26 (木)

  • モーニング
  • ハック
  • ハック
  • ランチ

午後から、ちゅら海水族館に excursion する。

  • ディナー
  • ハック
  • ハック

3/27 (金)

  • モーニング
  • ハック
  • ハック
  • ランチ
  • プレゼン
  • サマライズ
  • ディナー

3/28 (土)

  • 那覇にて解散
  • スタッフは後片付け。ダイビングとか。