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BioHackathon 2009

Objectives

Main objective of the meeting is to continue global efforts to standardize biological database resources and to improve usability and interoperability of bioinformatics services, which were proposed in the previous meeting.

The agenda of the previous meeting, BioHackathon? 2008, is available at

 http://hackathon.dbcls.jp/

Additionally, we will collaborate with

  • Organizations which have similar mission with us (e.g. ELIXIR) for the complemental efforts.
  • Developers of integrated platforms like BioMart, GMOD, Galaxy etc.

to make our previous efforts to be utilized by the scientific researchers effectively.

Topics

  • Technology: Infrastructure and Standardization
    • Integration of the integrated databases - Unified API for distributed services
    • Agreement on common exchange data formats, ontologies and semantics
    • Provide stable and interoperable services with SOAP and REST
    • Manifesto and guidelines for the next generation
  • Application
    • Make end user applications like Galaxy to utilize integrated databases (TogoDB) and services (TogoWS)
    • What kind of databases and services are required for science? - genome information
  • Outreach
    • Hands-on seminar, TogoTV

Goals

  • Improve Open Bio* libraries and other tools to apply real world issues.
  • Discuss about the guidelines (manifesto) towards standardization of data types and protocols for the integration of databases and services.
  • Publicaition of a meeting report.

Free of charge

The meeting is sponsored by the DBCLS (database center for life science;  http://dbcls.rois.ac.jp/en/) and your flights and accommodation fees will be covered by our budget.

とりあえず議事録をメモしておいて、近日中に英語化する。

Hackathon ようの Twitter を作る

ウェブサイト

2008年のサイト

2009年のサイト

とりあえず  http://kiban.dbcls.jp/hackathon2/ で構築中

日程調整

2009/03/22 (Sun) -2009/03/28 (Sat) が今のところ最有力(まだ確定ではない)

  • 農芸化学会と重なる
  • 事務方が3月最終週で問題ないかを確認

目的

  • 昨年度のテーマは統合のためのインフラ整備(ウェブサービス、標準化など)
  • 今年度はそれを継続するとともに、エンドユーザが使えるように出口を強化する

↓菅原先生とご相談させて頂いた結果、3本柱で進めていきたいと思っています。

寄せられたご意見と支持の声

菅原先生:

そこで、ご提案にあるように、技術の軸、アプリケーション(応用)の軸、 普及の軸のセッションを立てるというのでよさそうに思います: 技術の軸:DAS, Galaxy, ELIXIRなどについてマニアックな議論 応用の軸:ゲノム情報の統合と活用 普及の軸:ハンズオンセミナー

たとえば、技術の軸は hackathon のメインで基盤チーム担当ですが、 応用の軸が中村研や佐藤研、普及の軸が統合TVなど教育チーム といったイメージで展開していければと思っています。

木下さん:

テーマとしては以下のメールに書かれたとおり、生物学者が実際に 利用できるシステムの構築が重要だと思います。従ってGalaxyに 糖鎖系のサービスを追加したいと思います。

昨年度の hackathon で整備したインフラを今年度は生物学者が使えるように 還元していきたいと思います。

Oswaldo Trelles さん:

Perhaps in this occasion we can better coordinate my aportation during the meeting. We have made significant advances in the last year on the topics of the agenda that will be most pleased to discuss in the workshop

COST にアプライ中で将来 hackathon を欧州でも開催してもらえるかも。

Jan Christian Bryne さん:

I remember last meeting we did not have any representatives from service providers in the US. Will it be possible to include anyone from the US at the next meeting? Perhaps someone from NCBI or CaBIG?

コンタクトパーソンを知らないか問い合わせ中。

Alberto Labarga さん:

great to know about you, and that you are organizing a second edition of the Biohackaton, I will happily attend, let's see if nothing comes in the middle like next year

エディターも紹介して頂いている。

匿名:)

沖縄は最高ですね!かなりテンションあがります。

当日のスケジュール

3/22 (日)

3/23 (月)

公開シンポジウムを開催するかどうか高木先生と相談

9:00-12:00

  • 基調講演 1〜4 本 (30〜60min)
  • ショートトラック 1〜6本 (10min)

会場は東京駅か品川駅近辺

お昼ご飯は会場でケータリングかお弁当

羽田までは空港リムジンバスを事前予約しておく(チャーターより割安)

  • JAL: HND 14:40 - 17:30 OKA
  • ANA: HND 15:30 - 18:15 OKA

着いてから那覇で食事?バスをチャーターして会場兼ホテルに移動

3/24 (火)

  • モーニング
  • ハック
  • ハック
  • ランチ
  • ハック
  • ハック
  • プレゼン
  • ディナー
  • ハック
  • ハック

3/25 (水)

  • モーニング
  • ハック
  • ハック
  • ランチ
  • ハック
  • ハック
  • プレゼン
  • ディナー
  • ハック
  • ハック

3/26 (木)

  • モーニング
  • ハック
  • ハック
  • ランチ

午後から、ちゅら海水族館に excursion する。

  • ディナー
  • ハック
  • ハック

3/27 (金)

  • モーニング
  • ハック
  • ハック
  • ランチ
  • プレゼン
  • サマライズ
  • ディナー

3/28 (土)

  • 那覇にて解散

必要な人員

ほげ

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