DDBJ-KEGG-PDBj: ppi_by_species.txt

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1>
2//
3>Acidiphilium cryptum (strain JF-5).
4//
5>Acidovorax sp. (strain JS42).
6//
7>Acinetobacter baumannii (strain ACICU).
8//
9>Acinetobacter baumannii (strain ATCC 17978 / NCDC KC 755).
10//
11>Acinetobacter baumannii (strain AYE).
12//
13>Acinetobacter baumannii (strain SDF).
14//
15>Acinetobacter sp. (strain ADP1).
16//
17>Actinobacillus pleuropneumoniae serotype 3 (strain JL03).
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19//
20>Actinobacillus pleuropneumoniae serotype 5b (strain L20).
21eco:b4152       eco:b4153       3CIR
22//
23>Actinobacillus succinogenes (strain ATCC 55618 / 130Z).
24//
25>Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila (strain ATCC 7966 / NCIB 9240).
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33>Aeromonas salmonicida (strain A449).
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39//
40>Akkermansia muciniphila (strain ATCC BAA-835).
41//
42>Alcanivorax borkumensis (strain SK2 / ATCC 700651 / DSM 11573).
43//
44>Alkaliphilus metalliredigens (strain QYMF).
45//
46>Alteromonadales bacterium TW-7.
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48//
49>Amycolatopsis orientalis.
50//
51>Anaerofustis stercorihominis DSM 17244.
52//
53>Anaerostipes caccae DSM 14662.
54//
55>Anaerotruncus colihominis DSM 17241.
56//
57>Aquifex aeolicus.
58//
59>Azotobacter vinelandii DJ.
60//
61>Bacteroides caccae ATCC 43185.
62//
63>Bacteroides capillosus ATCC 29799.
64//
65>Bacteroides fragilis (strain ATCC 25285 / NCTC 9343).
66//
67>Bacteroides fragilis.
68//
69>Bacteroides ovatus ATCC 8483.
70//
71>Bacteroides stercoris ATCC 43183.
72//
73>Bacteroides thetaiotaomicron.
74//
75>Bacteroides uniformis ATCC 8492.
76//
77>Bacteroides vulgatus (strain ATCC 8482 / DSM 1447 / NCTC 11154).
78//
79>Baumannia cicadellinicola subsp. Homalodisca coagulata.
80//
81>Beijerinckia indica subsp. indica (strain ATCC 9039 / DSM 1715 / NCIB
82//
83>Blochmannia pennsylvanicus (strain BPEN).
84//
85>Bordetella avium (strain 197N).
86//
87>Bordetella bronchiseptica (Alcaligenes bronchisepticus).
88//
89>Bordetella parapertussis.
90//
91>Bordetella pertussis.
92//
93>Bradyrhizobium japonicum.
94//
95>Bradyrhizobium sp. (strain BTAi1 / ATCC BAA-1182).
96//
97>Bradyrhizobium sp. (strain ORS278).
98//
99>Buchnera aphidicola subsp. Acyrthosiphon pisum (Acyrthosiphon pisum
100//
101>Buchnera aphidicola subsp. Schizaphis graminum.
102//
103>Burkholderia ambifaria (strain ATCC BAA-244 / AMMD) (Burkholderia
104//
105>Burkholderia ambifaria (strain MC40-6).
106//
107>Burkholderia ambifaria IOP40-10.
108//
109>Burkholderia ambifaria MEX-5.
110//
111>Burkholderia cenocepacia (strain AU 1054).
112//
113>Burkholderia cenocepacia (strain HI2424).
114//
115>Burkholderia cenocepacia (strain MC0-3).
116//
117>Burkholderia cenocepacia PC184.
118//
119>Burkholderia dolosa AUO158.
120//
121>Burkholderia graminis C4D1M.
122//
123>Burkholderia mallei (Pseudomonas mallei).
124//
125>Burkholderia mallei (strain NCTC 10229).
126//
127>Burkholderia mallei (strain NCTC 10247).
128//
129>Burkholderia mallei (strain SAVP1).
130//
131>Burkholderia mallei 2002721280.
132//
133>Burkholderia mallei ATCC 10399.
134//
135>Burkholderia mallei FMH.
136//
137>Burkholderia mallei JHU.
138//
139>Burkholderia multivorans (strain ATCC 17616 / 249).
140//
141>Burkholderia phymatum (strain DSM 17167 / STM815).
142//
143>Burkholderia phytofirmans (strain DSM 17436 / PsJN).
144//
145>Burkholderia pseudomallei (Pseudomonas pseudomallei).
146//
147>Burkholderia pseudomallei (strain 1106a).
148//
149>Burkholderia pseudomallei (strain 1710b).
150//
151>Burkholderia pseudomallei (strain 668).
152//
153>Burkholderia pseudomallei 1655.
154//
155>Burkholderia pseudomallei 305.
156//
157>Burkholderia pseudomallei 406e.
158//
159>Burkholderia pseudomallei Pasteur 52237.
160//
161>Burkholderia pseudomallei S13.
162//
163>Burkholderia sp. (strain 383) (Burkholderia cepacia (strain ATCC 17760
164//
165>Burkholderia thailandensis (strain E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 /
166//
167>Burkholderia vietnamiensis (strain G4 / LMG 22486) (Burkholderia
168//
169>Burkholderia xenovorans (strain LB400).
170//
171>Caldicellulosiruptor saccharolyticus (strain ATCC 43494 / DSM 8903).
172//
173>Candidatus Kuenenia stuttgartiensis.
174//
175>Caulobacter crescentus (Caulobacter vibrioides).
176//
177>Chromohalobacter salexigens (strain DSM 3043 / ATCC BAA-138 / NCIMB
178//
179>Citrobacter koseri (strain ATCC BAA-895 / CDC 4225-83 / SGSC4696).
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213//
214>Citrobacter murliniae.
215//
216>Clostridium acetobutylicum.
217//
218>Clostridium bartlettii DSM 16795.
219//
220>Clostridium beijerinckii (strain ATCC 51743 / NCIMB 8052) (Clostridium
221//
222>Clostridium bolteae ATCC BAA-613.
223//
224>Clostridium botulinum (strain ATCC 19397 / Type A).
225//
226>Clostridium botulinum (strain Alaska E43 / type E3).
227//
228>Clostridium botulinum (strain Eklund 17B / type B).
229//
230>Clostridium botulinum (strain Hall / ATCC 3502 / NCTC 13319 / Type A).
231//
232>Clostridium botulinum (strain Langeland / NCTC 10281 / Type F).
233//
234>Clostridium botulinum (strain Loch Maree / Type A3).
235//
236>Clostridium botulinum (strain Okra / Type B1).
237//
238>Clostridium botulinum Bf.
239//
240>Clostridium botulinum NCTC 2916.
241//
242>Clostridium butyricum 5521.
243//
244>Clostridium difficile (strain 630).
245//
246>Clostridium kluyveri (strain ATCC 8527 / DSM 555 / NCIMB 10680).
247//
248>Clostridium leptum DSM 753.
249//
250>Clostridium perfringens (strain SM101 / Type A).
251//
252>Clostridium perfringens C str. JGS1495.
253//
254>Clostridium perfringens D str. JGS1721.
255//
256>Clostridium perfringens E str. JGS1987.
257//
258>Clostridium perfringens.
259//
260>Clostridium phytofermentans (strain ATCC 700394 / DSM 18823 / ISDg).
261//
262>Clostridium ramosum DSM 1402.
263//
264>Clostridium scindens ATCC 35704.
265//
266>Clostridium sp. L2-50.
267//
268>Clostridium sp. SS2/1.
269//
270>Clostridium spiroforme DSM 1552.
271//
272>Clostridium tetani.
273//
274>Collinsella aerofaciens ATCC 25986.
275//
276>Colwellia psychrerythraea (strain 34H / ATCC BAA-681) (Vibrio
277//
278>Congregibacter litoralis KT71.
279//
280>Coprococcus eutactus ATCC 27759.
281//
282>Corynebacterium glutamicum (strain R).
283//
284>Coxiella burnetii (strain Dugway 5J108-111).
285//
286>Coxiella burnetii (strain RSA 331 / Henzerling II).
287//
288>Coxiella burnetii RSA 334.
289//
290>Coxiella burnetii.
291//
292>Delftia acidovorans (strain DSM 14801 / SPH-1).
293//
294>Desulfitobacterium hafniense (strain Y51).
295//
296>Desulfovibrio desulfuricans (strain G20).
297//
298>Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / NCIMB
299//
300>Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris (strain DP4).
301//
302>Dorea formicigenerans ATCC 27755.
303//
304>Dorea longicatena DSM 13814.
305//
306>Enterobacter cloacae.
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316>Enterobacter sakazakii (strain ATCC BAA-894).
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351>Enterobacter sakazakii.
352//
353>Enterobacter sp. (strain 638).
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384//
385>Enterococcus faecalis (Streptococcus faecalis).
386//
387>Erwinia carotovora subsp. atroseptica (Pectobacterium atrosepticum).
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419>Erwinia tasmaniensis (strain DSM 17950 / Et1/99).
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433>Escherichia albertii TW07627.
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468>Escherichia coli
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502>Escherichia coli (strain ATCC 8739 / DSM 1576 / Crooks).
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536>Escherichia coli (strain DH10B).
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562>Escherichia coli (strain K12).
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596>Escherichia coli (strain SMS-3-5 / SECEC).
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630>Escherichia coli (strain UTI89 / UPEC).
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664>Escherichia coli 53638.
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742//
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745>Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210).
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748//
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826>Haloarcula marismortui (Halobacterium marismortui).
827//
828>Halobacterium salinarium (Halobacterium halobium).
829//
830>Halobacterium salinarum (strain ATCC 29341 / DSM 671 / R1).
831//
832>Haloquadratum walsbyi (strain DSM 16790).
833//
834>Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239.
835//
836>Heliobacterium modesticaldum (strain ATCC 51547 / Ice1).
837//
838>Hydrogenivirga sp. 128-5-R1-1.
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889//
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891//
892>Lactobacillus casei (strain ATCC 334).
893//
894>Lactobacillus helveticus (strain DPC 4571).
895//
896>Lactobacillus helveticus CNRZ32.
897//
898>Lactobacillus paracasei.
899//
900>Lactobacillus reuteri.
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902>Lactobacillus sakei subsp. sakei (strain 23K).
903//
904>Lactococcus lactis subsp. lactis (Streptococcus lactis).
905//
906>Lactococcus lactis subsp. lactis bv. diacetylactis.
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908>Legionella pneumophila (strain Corby).
909//
910>Legionella pneumophila (strain Lens).
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912>Legionella pneumophila (strain Paris).
913//
914>Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 /
915//
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926//
927>Maricaulis maris (strain MCS10).
928//
929>Marinobacter algicola DG893.
930//
931>Marinobacter aquaeolei (strain ATCC 700491 / DSM 11845 / VT8)
932//
933>Marinobacter sp. ELB17.
934//
935>Mesorhizobium sp. (strain BNC1).
936//
937>Methanobacterium thermoautotrophicum.
938//
939>Methanobrevibacter smithii (strain PS / ATCC 35061 / DSM 861).
940//
941>Methanocaldococcus jannaschii (Methanococcus jannaschii).
942//
943>Methanococcus maripaludis (strain C6 / ATCC BAA-1332).
944//
945>Methanococcus vannielii (strain SB / ATCC 35089 / DSM 1224).
946//
947>Methanopyrus kandleri.
948//
949>Methanosaeta thermophila (strain DSM 6194 / PT) (Methanothrix
950//
951>Methanosphaera stadtmanae (strain DSM 3091).
952//
953>Methanothermus fervidus.
954//
955>Methylobacterium extorquens (strain PA1).
956//
957>Methylobacterium radiotolerans (strain ATCC 27329 / DSM 1819 / JCM
958//
959>Methylobacterium sp. (strain 4-46).
960//
961>Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073).
962//
963>Moritella sp. PE36.
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965//
966>Myxococcus xanthus (strain DK 1622).
967//
968>Natronomonas pharaonis (strain DSM 2160 / ATCC 35678).
969//
970>Nitrococcus mobilis Nb-231.
971//
972>Nitrosomonas europaea.
973//
974>Nitrosospira multiformis (strain ATCC 25196 / NCIMB 11849).
975//
976>Oceanicaulis alexandrii HTCC2633.
977//
978>Oenococcus oeni (Leuconostoc oenos).
979//
980>Oenococcus oeni (strain BAA-331 / PSU-1).
981//
982>Oenococcus oeni ATCC BAA-1163.
983//
984>Parabacteroides distasonis (strain ATCC 8503 / DSM 20701 / NCTC
985//
986>Parabacteroides merdae ATCC 43184.
987//
988>Parvibaculum lavamentivorans (strain DS-1 / DSM 13023 / NCIMB 13966).
989//
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1176>Pseudomonas fluorescens (strain Pf0-1).
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1178>Pseudomonas mendocina (strain ymp).
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1181//
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1184>Pseudomonas putida (strain KT2440).
1185//
1186>Pseudomonas putida (strain W619).
1187//
1188>Pseudomonas stutzeri (strain A1501).
1189//
1190>Pseudomonas syringae pv. phaseolicola (strain 1448A / Race 6).
1191//
1192>Pseudomonas syringae pv. syringae (strain B728a).
1193//
1194>Pseudomonas syringae pv. tomato.
1195//
1196>Psychromonas ingrahamii (strain 37).
1197//
1198>Psychromonas sp. CNPT3.
1199//
1200>Pyrococcus abyssi.
1201//
1202>Pyrococcus horikoshii.
1203//
1204>Ralstonia eutropha (strain ATCC 17699 / H16 / DSM 428 / Stanier 337)
1205//
1206>Ralstonia eutropha (strain JMP134) (Alcaligenes eutrophus).
1207//
1208>Ralstonia metallidurans (strain CH34 / ATCC 43123 / DSM 2839).
1209//
1210>Ralstonia pickettii (strain 12J).
1211//
1212>Ralstonia pickettii 12D.
1213//
1214>Ralstonia solanacearum (Pseudomonas solanacearum).
1215//
1216>Reinekea sp. MED297.
1217//
1218>Rhizobium loti (Mesorhizobium loti).
1219//
1220>Rhodoferax ferrireducens (strain DSM 15236 / ATCC BAA-621 / T118).
1221//
1222>Rhodopseudomonas palustris (strain BisA53).
1223//
1224>Rhodopseudomonas palustris (strain BisB18).
1225//
1226>Rhodopseudomonas palustris (strain BisB5).
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1228>Rhodopseudomonas palustris (strain HaA2).
1229//
1230>Rhodopseudomonas palustris.
1231//
1232>Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / NCIB 8255).
1233//
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1235//
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1240>Salmonella arizonae (strain ATCC BAA-731 / CDC346-86 / RSK2980).
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1509//
1510>Shewanella baltica (strain OS185).
1511//
1512>Shewanella baltica (strain OS195).
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1515>Shewanella benthica KT99.
1516//
1517>Shewanella denitrificans (strain OS217 / ATCC BAA-1090 / DSM 15013).
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1519//
1520>Shewanella frigidimarina (strain NCIMB 400).
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1522//
1523>Shewanella frigidimarina.
1524//
1525>Shewanella halifaxensis (strain HAW-EB4).
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1527//
1528>Shewanella loihica (strain ATCC BAA-1088 / PV-4).
1529//
1530>Shewanella oneidensis.
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1532//
1533>Shewanella pealeana (strain ATCC 700345 / ANG-SQ1).
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1539>Shewanella putrefaciens (strain CN-32 / ATCC BAA-453).
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1547>Shewanella sediminis (strain HAW-EB3).
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1563>Shewanella sp. (strain W3-18-1).
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1568>Shigella boydii serotype 18 (strain CDC 3083-94 / BS512).
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1636>Shigella boydii.
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1638>Shigella dysenteriae serotype 1 (strain Sd197).
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1800>Streptococcus pyogenes serotype M2 (strain MGAS10270).
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1802>Streptococcus pyogenes serotype M28.
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1808>Streptococcus pyogenes serotype M5 (strain Manfredo).
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1810>Streptococcus pyogenes serotype M6.
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1816>Syntrophobacter fumaroxidans (strain DSM 10017 / MPOB).
1817//
1818>Thermoanaerobacter pseudethanolicus (strain ATCC 33223 / 39E)
1819//
1820>Thermoanaerobacter sp. (strain X514).
1821//
1822>Thermoanaerobacter tengcongensis.
1823//
1824>Thermosinus carboxydivorans Nor1.
1825//
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2255>Vibrio cholerae V52.
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2306>Vibrio cholerae.
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2335>Vibrio fischeri (strain ATCC 700601 / ES114).
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2657>Victivallis vadensis ATCC BAA-548.
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2659>Weissella paramesenteroides (Leuconostoc paramesenteroides).
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