DDBJ-KEGG-PDBj/Results: ppi_by_species.txt

File ppi_by_species.txt, 80.3 KB (added by akinjo, 12 years ago)

ppi list

Line 
1>Acidiphilium cryptum (strain JF-5).
2//
3>Acidovorax sp. (strain JS42).
4//
5>Acinetobacter baumannii (strain ACICU).
6//
7>Acinetobacter baumannii (strain ATCC 17978 / NCDC KC 755).
8//
9>Acinetobacter baumannii (strain AYE).
10//
11>Acinetobacter baumannii (strain SDF).
12//
13>Acinetobacter sp. (strain ADP1).
14//
15>Actinobacillus pleuropneumoniae serotype 3 (strain JL03).
16eco:b4153       eco:b4152       3CIR
17//
18>Actinobacillus pleuropneumoniae serotype 5b (strain L20).
19eco:b4152       eco:b4153       3CIR
20//
21>Actinobacillus succinogenes (strain ATCC 55618 / 130Z).
22//
23>Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila (strain ATCC 7966 / NCIB 9240).
24eco:b0723       eco:b0721       2H88
25eco:b0723       eco:b0722       2ACZ
26eco:b0115       eco:b0726       1W85
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29eco:b0729       eco:b0118       2VRO
30//
31>Aeromonas salmonicida (strain A449).
32eco:b0723       eco:b0722       2ACZ
33eco:b0723       eco:b0721       2H88
34eco:b0728       eco:b0729       2FP4
35eco:b0726       eco:b0115       1W85
36eco:b0722       eco:b0721       2ACZ
37//
38>Akkermansia muciniphila (strain ATCC BAA-835).
39//
40>Alcanivorax borkumensis (strain SK2 / ATCC 700651 / DSM 11573).
41//
42>Alkaliphilus metalliredigens (strain QYMF).
43//
44>Alteromonadales bacterium TW-7.
45eco:b0723       eco:b0724       2H88
46//
47>Amycolatopsis orientalis.
48//
49>Anaerofustis stercorihominis DSM 17244.
50//
51>Anaerostipes caccae DSM 14662.
52//
53>Anaerotruncus colihominis DSM 17241.
54//
55>Aquifex aeolicus.
56//
57>Azotobacter vinelandii DJ.
58//
59>Bacteroides caccae ATCC 43185.
60//
61>Bacteroides capillosus ATCC 29799.
62//
63>Bacteroides fragilis (strain ATCC 25285 / NCTC 9343).
64//
65>Bacteroides fragilis.
66//
67>Bacteroides ovatus ATCC 8483.
68//
69>Bacteroides stercoris ATCC 43183.
70//
71>Bacteroides thetaiotaomicron.
72//
73>Bacteroides uniformis ATCC 8492.
74//
75>Bacteroides vulgatus (strain ATCC 8482 / DSM 1447 / NCTC 11154).
76//
77>Baumannia cicadellinicola subsp. Homalodisca coagulata.
78//
79>Beijerinckia indica subsp. indica (strain ATCC 9039 / DSM 1715 / NCIB
80//
81>Blochmannia pennsylvanicus (strain BPEN).
82//
83>Bordetella avium (strain 197N).
84//
85>Bordetella bronchiseptica (Alcaligenes bronchisepticus).
86//
87>Bordetella parapertussis.
88//
89>Bordetella pertussis.
90//
91>Bradyrhizobium japonicum.
92//
93>Bradyrhizobium sp. (strain BTAi1 / ATCC BAA-1182).
94//
95>Bradyrhizobium sp. (strain ORS278).
96//
97>Buchnera aphidicola subsp. Acyrthosiphon pisum (Acyrthosiphon pisum
98//
99>Buchnera aphidicola subsp. Schizaphis graminum.
100//
101>Burkholderia ambifaria (strain ATCC BAA-244 / AMMD) (Burkholderia
102//
103>Burkholderia ambifaria (strain MC40-6).
104//
105>Burkholderia ambifaria IOP40-10.
106//
107>Burkholderia ambifaria MEX-5.
108//
109>Burkholderia cenocepacia (strain AU 1054).
110//
111>Burkholderia cenocepacia (strain HI2424).
112//
113>Burkholderia cenocepacia (strain MC0-3).
114//
115>Burkholderia cenocepacia PC184.
116//
117>Burkholderia dolosa AUO158.
118//
119>Burkholderia graminis C4D1M.
120//
121>Burkholderia mallei (Pseudomonas mallei).
122//
123>Burkholderia mallei (strain NCTC 10229).
124//
125>Burkholderia mallei (strain NCTC 10247).
126//
127>Burkholderia mallei (strain SAVP1).
128//
129>Burkholderia mallei 2002721280.
130//
131>Burkholderia mallei ATCC 10399.
132//
133>Burkholderia mallei FMH.
134//
135>Burkholderia mallei JHU.
136//
137>Burkholderia multivorans (strain ATCC 17616 / 249).
138//
139>Burkholderia phymatum (strain DSM 17167 / STM815).
140//
141>Burkholderia phytofirmans (strain DSM 17436 / PsJN).
142//
143>Burkholderia pseudomallei (Pseudomonas pseudomallei).
144//
145>Burkholderia pseudomallei (strain 1106a).
146//
147>Burkholderia pseudomallei (strain 1710b).
148//
149>Burkholderia pseudomallei (strain 668).
150//
151>Burkholderia pseudomallei 1655.
152//
153>Burkholderia pseudomallei 305.
154//
155>Burkholderia pseudomallei 406e.
156//
157>Burkholderia pseudomallei Pasteur 52237.
158//
159>Burkholderia pseudomallei S13.
160//
161>Burkholderia sp. (strain 383) (Burkholderia cepacia (strain ATCC 17760
162//
163>Burkholderia thailandensis (strain E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 /
164//
165>Burkholderia vietnamiensis (strain G4 / LMG 22486) (Burkholderia
166//
167>Burkholderia xenovorans (strain LB400).
168//
169>Caldicellulosiruptor saccharolyticus (strain ATCC 43494 / DSM 8903).
170//
171>Candidatus Kuenenia stuttgartiensis.
172//
173>Caulobacter crescentus (Caulobacter vibrioides).
174//
175>Chromohalobacter salexigens (strain DSM 3043 / ATCC BAA-138 / NCIMB
176//
177>Citrobacter koseri (strain ATCC BAA-895 / CDC 4225-83 / SGSC4696).
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211//
212>Citrobacter murliniae.
213//
214>Clostridium acetobutylicum.
215//
216>Clostridium bartlettii DSM 16795.
217//
218>Clostridium beijerinckii (strain ATCC 51743 / NCIMB 8052) (Clostridium
219//
220>Clostridium bolteae ATCC BAA-613.
221//
222>Clostridium botulinum (strain ATCC 19397 / Type A).
223//
224>Clostridium botulinum (strain Alaska E43 / type E3).
225//
226>Clostridium botulinum (strain Eklund 17B / type B).
227//
228>Clostridium botulinum (strain Hall / ATCC 3502 / NCTC 13319 / Type A).
229//
230>Clostridium botulinum (strain Langeland / NCTC 10281 / Type F).
231//
232>Clostridium botulinum (strain Loch Maree / Type A3).
233//
234>Clostridium botulinum (strain Okra / Type B1).
235//
236>Clostridium botulinum Bf.
237//
238>Clostridium botulinum NCTC 2916.
239//
240>Clostridium butyricum 5521.
241//
242>Clostridium difficile (strain 630).
243//
244>Clostridium kluyveri (strain ATCC 8527 / DSM 555 / NCIMB 10680).
245//
246>Clostridium leptum DSM 753.
247//
248>Clostridium perfringens (strain SM101 / Type A).
249//
250>Clostridium perfringens C str. JGS1495.
251//
252>Clostridium perfringens D str. JGS1721.
253//
254>Clostridium perfringens E str. JGS1987.
255//
256>Clostridium perfringens.
257//
258>Clostridium phytofermentans (strain ATCC 700394 / DSM 18823 / ISDg).
259//
260>Clostridium ramosum DSM 1402.
261//
262>Clostridium scindens ATCC 35704.
263//
264>Clostridium sp. L2-50.
265//
266>Clostridium sp. SS2/1.
267//
268>Clostridium spiroforme DSM 1552.
269//
270>Clostridium tetani.
271//
272>Collinsella aerofaciens ATCC 25986.
273//
274>Colwellia psychrerythraea (strain 34H / ATCC BAA-681) (Vibrio
275//
276>Congregibacter litoralis KT71.
277//
278>Coprococcus eutactus ATCC 27759.
279//
280>Corynebacterium glutamicum (strain R).
281//
282>Coxiella burnetii (strain Dugway 5J108-111).
283//
284>Coxiella burnetii (strain RSA 331 / Henzerling II).
285//
286>Coxiella burnetii RSA 334.
287//
288>Coxiella burnetii.
289//
290>Delftia acidovorans (strain DSM 14801 / SPH-1).
291//
292>Desulfitobacterium hafniense (strain Y51).
293//
294>Desulfovibrio desulfuricans (strain G20).
295//
296>Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / NCIMB
297//
298>Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris (strain DP4).
299//
300>Dorea formicigenerans ATCC 27755.
301//
302>Dorea longicatena DSM 13814.
303//
304>Enterobacter cloacae.
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313//
314>Enterobacter sakazakii (strain ATCC BAA-894).
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348//
349>Enterobacter sakazakii.
350//
351>Enterobacter sp. (strain 638).
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382//
383>Enterococcus faecalis (Streptococcus faecalis).
384//
385>Erwinia carotovora subsp. atroseptica (Pectobacterium atrosepticum).
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417>Erwinia tasmaniensis (strain DSM 17950 / Et1/99).
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430//
431>Escherichia albertii TW07627.
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465//
466>Escherichia coli
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499//
500>Escherichia coli (strain ATCC 8739 / DSM 1576 / Crooks).
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534>Escherichia coli (strain DH10B).
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560>Escherichia coli (strain K12).
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594>Escherichia coli (strain SMS-3-5 / SECEC).
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628>Escherichia coli (strain UTI89 / UPEC).
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662>Escherichia coli 53638.
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743>Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210).
744//
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746//
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748//
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823//
824>Haloarcula marismortui (Halobacterium marismortui).
825//
826>Halobacterium salinarium (Halobacterium halobium).
827//
828>Halobacterium salinarum (strain ATCC 29341 / DSM 671 / R1).
829//
830>Haloquadratum walsbyi (strain DSM 16790).
831//
832>Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239.
833//
834>Heliobacterium modesticaldum (strain ATCC 51547 / Ice1).
835//
836>Hydrogenivirga sp. 128-5-R1-1.
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838>Idiomarina baltica OS145.
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843>Idiomarina loihiensis.
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886>Klebsiella pneumoniae.
887//
888>Lactobacillus acidophilus.
889//
890>Lactobacillus casei (strain ATCC 334).
891//
892>Lactobacillus helveticus (strain DPC 4571).
893//
894>Lactobacillus helveticus CNRZ32.
895//
896>Lactobacillus paracasei.
897//
898>Lactobacillus reuteri.
899//
900>Lactobacillus sakei subsp. sakei (strain 23K).
901//
902>Lactococcus lactis subsp. lactis (Streptococcus lactis).
903//
904>Lactococcus lactis subsp. lactis bv. diacetylactis.
905//
906>Legionella pneumophila (strain Corby).
907//
908>Legionella pneumophila (strain Lens).
909//
910>Legionella pneumophila (strain Paris).
911//
912>Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 /
913//
914>Leptospirillum sp. Group II UBA.
915//
916>Leuconostoc citreum (strain KM20).
917//
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919//
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922//
923>Mannheimia succiniciproducens (strain MBEL55E).
924//
925>Maricaulis maris (strain MCS10).
926//
927>Marinobacter algicola DG893.
928//
929>Marinobacter aquaeolei (strain ATCC 700491 / DSM 11845 / VT8)
930//
931>Marinobacter sp. ELB17.
932//
933>Mesorhizobium sp. (strain BNC1).
934//
935>Methanobacterium thermoautotrophicum.
936//
937>Methanobrevibacter smithii (strain PS / ATCC 35061 / DSM 861).
938//
939>Methanocaldococcus jannaschii (Methanococcus jannaschii).
940//
941>Methanococcus maripaludis (strain C6 / ATCC BAA-1332).
942//
943>Methanococcus vannielii (strain SB / ATCC 35089 / DSM 1224).
944//
945>Methanopyrus kandleri.
946//
947>Methanosaeta thermophila (strain DSM 6194 / PT) (Methanothrix
948//
949>Methanosphaera stadtmanae (strain DSM 3091).
950//
951>Methanothermus fervidus.
952//
953>Methylobacterium extorquens (strain PA1).
954//
955>Methylobacterium radiotolerans (strain ATCC 27329 / DSM 1819 / JCM
956//
957>Methylobacterium sp. (strain 4-46).
958//
959>Moorella thermoacetica (strain ATCC 39073).
960//
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963//
964>Myxococcus xanthus (strain DK 1622).
965//
966>Natronomonas pharaonis (strain DSM 2160 / ATCC 35678).
967//
968>Nitrococcus mobilis Nb-231.
969//
970>Nitrosomonas europaea.
971//
972>Nitrosospira multiformis (strain ATCC 25196 / NCIMB 11849).
973//
974>Oceanicaulis alexandrii HTCC2633.
975//
976>Oenococcus oeni (Leuconostoc oenos).
977//
978>Oenococcus oeni (strain BAA-331 / PSU-1).
979//
980>Oenococcus oeni ATCC BAA-1163.
981//
982>Parabacteroides distasonis (strain ATCC 8503 / DSM 20701 / NCTC
983//
984>Parabacteroides merdae ATCC 43184.
985//
986>Parvibaculum lavamentivorans (strain DS-1 / DSM 13023 / NCIMB 13966).
987//
988>Pasteurella haemolytica (Mannheimia haemolytica).
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1174>Pseudomonas fluorescens (strain Pf0-1).
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1180>Pseudomonas putida (strain GB-1).
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1184>Pseudomonas putida (strain W619).
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1186>Pseudomonas stutzeri (strain A1501).
1187//
1188>Pseudomonas syringae pv. phaseolicola (strain 1448A / Race 6).
1189//
1190>Pseudomonas syringae pv. syringae (strain B728a).
1191//
1192>Pseudomonas syringae pv. tomato.
1193//
1194>Psychromonas ingrahamii (strain 37).
1195//
1196>Psychromonas sp. CNPT3.
1197//
1198>Pyrococcus abyssi.
1199//
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1201//
1202>Ralstonia eutropha (strain ATCC 17699 / H16 / DSM 428 / Stanier 337)
1203//
1204>Ralstonia eutropha (strain JMP134) (Alcaligenes eutrophus).
1205//
1206>Ralstonia metallidurans (strain CH34 / ATCC 43123 / DSM 2839).
1207//
1208>Ralstonia pickettii (strain 12J).
1209//
1210>Ralstonia pickettii 12D.
1211//
1212>Ralstonia solanacearum (Pseudomonas solanacearum).
1213//
1214>Reinekea sp. MED297.
1215//
1216>Rhizobium loti (Mesorhizobium loti).
1217//
1218>Rhodoferax ferrireducens (strain DSM 15236 / ATCC BAA-621 / T118).
1219//
1220>Rhodopseudomonas palustris (strain BisA53).
1221//
1222>Rhodopseudomonas palustris (strain BisB18).
1223//
1224>Rhodopseudomonas palustris (strain BisB5).
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1226>Rhodopseudomonas palustris (strain HaA2).
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1228>Rhodopseudomonas palustris.
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1230>Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / NCIB 8255).
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1238>Salmonella arizonae (strain ATCC BAA-731 / CDC346-86 / RSK2980).
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1505>Shewanella baltica (strain OS155 / ATCC BAA-1091).
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1508>Shewanella baltica (strain OS185).
1509//
1510>Shewanella baltica (strain OS195).
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1512//
1513>Shewanella benthica KT99.
1514//
1515>Shewanella denitrificans (strain OS217 / ATCC BAA-1090 / DSM 15013).
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1517//
1518>Shewanella frigidimarina (strain NCIMB 400).
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1520//
1521>Shewanella frigidimarina.
1522//
1523>Shewanella halifaxensis (strain HAW-EB4).
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1525//
1526>Shewanella loihica (strain ATCC BAA-1088 / PV-4).
1527//
1528>Shewanella oneidensis.
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1530//
1531>Shewanella pealeana (strain ATCC 700345 / ANG-SQ1).
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1537>Shewanella putrefaciens (strain CN-32 / ATCC BAA-453).
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1542>Shewanella putrefaciens 200.
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1545>Shewanella sediminis (strain HAW-EB3).
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1548>Shewanella sp. (strain ANA-3).
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1553>Shewanella sp. (strain MR-4).
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1558>Shewanella sp. (strain MR-7).
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1561>Shewanella sp. (strain W3-18-1).
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1564>Shewanella woodyi (strain ATCC 51908 / MS32).
1565//
1566>Shigella boydii serotype 18 (strain CDC 3083-94 / BS512).
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1634>Shigella boydii.
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1636>Shigella dysenteriae serotype 1 (strain Sd197).
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1790>Sphingopyxis alaskensis (Sphingomonas alaskensis).
1791//
1792>Streptococcus mutans.
1793//
1794>Streptococcus pyogenes serotype M1.
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1798>Streptococcus pyogenes serotype M2 (strain MGAS10270).
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1800>Streptococcus pyogenes serotype M28.
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1802>Streptococcus pyogenes serotype M3.
1803//
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1806>Streptococcus pyogenes serotype M5 (strain Manfredo).
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1808>Streptococcus pyogenes serotype M6.
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1810>Sulfitobacter sp. EE-36.
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1812>Sulfitobacter sp. NAS-14.1.
1813//
1814>Syntrophobacter fumaroxidans (strain DSM 10017 / MPOB).
1815//
1816>Thermoanaerobacter pseudethanolicus (strain ATCC 33223 / 39E)
1817//
1818>Thermoanaerobacter sp. (strain X514).
1819//
1820>Thermoanaerobacter tengcongensis.
1821//
1822>Thermosinus carboxydivorans Nor1.
1823//
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1825//
1826>Treponema denticola.
1827//
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2253>Vibrio cholerae V52.
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2304>Vibrio cholerae.
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2333>Vibrio fischeri (strain ATCC 700601 / ES114).
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2419>Vibrio parahaemolyticus AQ3810.
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2448>Vibrio parahaemolyticus.
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2661>Yersinia enterocolitica
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